3. 命令行参数

Cytoscape 可以识别多种可选的命令行参数，包括运行时指定的网络文件、节点和边数据文件以及会话文件。以下是使用 -h 或 –help 标志运行 Cytoscape 时生成的输出信息。

usage: cytoscape.{sh|bat} [OPTIONS]
 -h,--help             Print this message.
 -v,--version          Print the version number.
 -s,--session <file>   Load a cytoscape session (.cys) file.
 -N,--network <file>   Load a network file (any format).
 -P,--props <file>     Load cytoscape properties file (Java properties
                       format) or individual property: -P name=value.
 -V,--vizmap <file>    Load vizmap properties file (Cytoscape VizMap
                       format).
 -S,--script <file>    Execute commands from script file.
 -R,--rest <port>      Start a rest service.

任何为选项指定的文件既可以是文件路径，也可以是 URL。例如，您可以将网络指定为文件（假设 myNet.sif 存在于当前工作目录中）：cytoscape.sh -N myNet.sif。

注意：如果文件路径中包含空格，请务必将其用引号括起来：cytoscape.bat -N "C:\Program Files\Cytoscape\sampleData\galFiltered.sif"。

或者，您也可以将网络指定为 URL：cytoscape.sh -N http://example.com/myNet.sif。

命令行参数

参数	描述
-h,--help	该标志生成上述帮助输出并退出。
-v,--version	该标志打印 Cytoscape 的版本号并退出。
-s,--session <文件>	此选项指定要加载的会话文件。由于一次只能加载一个会话文件，因此在给定的命令行上只能指定一次此选项。该选项需要一个 .cys 格式的 Cytoscape 会话文件。虽然不是必须的，但习惯上会话文件名应包含 .cys 扩展名。
-N,--network <文件>	此选项用于加载所有类型的网络文件。SIF、GML 和 XGMML 文件都可以使用 -N 选项进行加载。您可以在单条命令行上指定任意数量的网络。
-P,--props <文件>	此选项用于指定 Cytoscape 属性。属性既可以指定为属性文件（采用 Java 标准属性格式），也可以指定为单独的属性。要指定单独的属性，必须先输入属性名称，后跟属性值，名称和值之间用 '=' 号隔开。例如，要指定 defaultSpeciesName：cytoscape.sh -P defaultSpeciesName=Human。如果您希望在属性中包含空格，只需将名称和值用引号括起来：cytoscape.sh -P "defaultSpeciesName=Homo Sapiens"。该属性选项包含并替代了之前的 -noCanonicalization、-species 和 -bioDataServer 选项。现在的写法如下：cytoscape.sh -P defaultSpeciesName=Human -P noCanonicalization=true -P bioDataServer=myServer。
-V,--vizmap <文件>	此选项用于指定样式文件（Style file）。
-S,--script <文件>	此选项用于执行来自指定 Cytoscape 脚本文件的命令。
-R,--rest <端口>	此选项在指定端口上启动 Cytoscape REST 服务。

上述所有选项（启动 REST 服务除外）均可在 Cytoscape 运行后通过菜单访问。