19. Cytoscape 首选项¶
19.1. 管理属性¶
Cytoscape 属性编辑器可通过 Edit（编辑）→ Preferences（首选项）→ Properties…（属性……） 访问，用于指定默认属性。对这些属性所做的任何更改都将保存到用户主目录下的 CytoscapeConfiguration 子目录中的 .props 文件中。
Cytoscape 属性可以使用如下所示的 Add（添加）、Modify（修改） 和 Delete（删除） 按钮进行配置。
App 属性也可以像编辑 Cytoscape 属性一样进行编辑。例如，要编辑 Linkout 的属性，请从 Preferences Editor（首选项编辑器） 的组合框中选择 linkout。除了（或代替）将属性存储在 CytoscapeConfiguration 目录中外，某些 App 还可能将属性存储在会话文件中。
19.2. 管理书签¶
Cytoscape 包含一个预定义的书签列表，指向位于 Cytoscape 服务器上的示例网络文件。用户可以通过书签管理器添加、修改和删除书签，书签管理器可通过 Edit（编辑）→ Preferences（首选项）→ Bookmarks…（书签……） 进入。
目前有几种类型的书签（基于数据类别），包括网络和表格。网络书签是指向 Cytoscape 网络文件的 URL。这些是普通的网络，可以加载到 Cytoscape 中。表格书签是指向数据表格文件的 URL。
19.3. 管理代理服务器¶
您可以通过 Edit（编辑）→ Preferences（首选项）→ Proxy Settings…（代理设置……） 为 Cytoscape 定义和配置代理服务器。
设置代理服务器后，所有与通过 URL 加载网络相关的网络流量都将通过代理服务器。Cytoscape App 也会使用此功能。代理设置保存在 cytoscape3.props 中。每次在更改代理设置后单击 OK（确定） 按钮时，系统都会尝试使用您的设置连接到 Internet 上的一个知名网站（例如 google.com）。无论成功还是失败，您都会收到通知；如果失败，您将有机会更改代理设置。
如果您不再需要使用代理连接到 Internet，只需将代理类型设置为 direct（直接） 并单击 OK（确定） 按钮即可。
19.4. 管理组设置¶
Cytoscape 组视图的配置也可以通过 Edit（编辑）→ Preferences（首选项）→ Group Preferences…（组首选项……） 进行编辑。
请注意，Group Preferences（组首选项） 仅适用于设置组首选项之后建立的 节点组。它们不适用于已存在的组。
Group Preferences（组首选项） 对话框提供了对三个 Group View Settings（组视图设置） 和所有 Attribute Aggregation Settings（属性聚合设置） 的访问权限。组视图和组交互涉及两个相互作用的设置：
展开的组如何显示
双击节点（组成员或组节点）时会发生什么
组节点折叠时内部显示的内容
组视图设置¶
提供以下节点可视化选项：
None（无）：无特定可视化效果——仅执行展开/收起操作，不对展开的组进行任何特殊处理。
Compound Node（复合节点）：将组节点显示为包围成员节点的区域，但将其置于成员节点之后，以便直接选择每个成员。如果您在此区域内移动节点，则可能需要调整区域大小以包围新定位的成员节点。移动组节点将导致所有成员节点随之移动。有相应的 视觉样式 允许您更改复合节点的颜色、形状和内边距。
Show Group Node（显示组节点）：当组展开时，将组节点显示为附加节点，并在组节点和每个成员节点之间添加成员边。例如，这对于复合体非常有用，因为可能需要在显示组组成员节点（每个单独的蛋白质）的同时显示组节点（整个复合体）。
Single Node（单个节点）：将组节点显示为包围成员节点的区域，但将其置于成员节点之前，以便无法单独选择或移动成员节点。
如果您将 Double-Click（双击） 动作设置为 Expand/Contract（展开/收起） 以外的操作，则组不会在双击时折叠，这可能适用于显示包含其他节点的组节点（即 Compound Node（复合节点） 可视化或 Single Node（单个节点） 可视化）。
属性聚合设置¶
属性聚合为组提供了一种自动聚合其所有子项属性的方法。由于 Cytoscape 网络中的列必须具有相同的类型，因此组不能简单地创建整数列表来聚合其成员的整数列——聚合组成员属性的正确方法显然取决于具体应用。Cytoscape 允许您在 Default Aggregation Settings（默认聚合设置） 部分中为每种列类型（整数、长整数、双精度浮点数、字符串、布尔值、字符串列表、整数列表、长整数列表或双精度浮点数列表）设置默认的聚合方法。通常，系统会为用户提供一些常见聚合方法的列表。例如，整数聚合包括平均值、最小值、最大值、中位数或总和。
此外，用户可以通过查看 Aggregation Overrides（聚合覆盖），指明特定列应使用与默认值不同的聚合方法。
分组提示¶
Show collapsed node as a Nested Network（将折叠节点显示为嵌套网络） 复选框决定了当成员节点被隐藏时分组节点的内容。如果勾选此项，组节点将包含已布局成员节点的图形。对于“复合节点”可视化，此框应保持未勾选状态，以便分组节点可以显示为成员节点的背景。
属性聚合仅在组折叠时或组可视化更改时（例如，从 Single Node（单个节点） 更改为 Compound Node（复合节点））发生。
19.5. 管理 OpenCL 设置¶
您可以通过 Edit（编辑）→ Preferences（首选项）→ OpenCL Settings…（OpenCL 设置……） 在系统安装的一个或多个 OpenCL 驱动程序之间进行选择。
OpenCL 是一个库，使 Cytoscape 能够利用您系统的图形处理单元 (GPU) 来加速某些布局和其他计算。如果没有显示选项，请查阅您显卡系统的支持网页。