18. 富集分析表

Enrichment Table 核心应用程序提供了使用 g:Profiler 网络服务对加载到 Cytoscape 中的任何网络进行功能富集分析的功能。点击 Enrichment Table 面板中的 Perform Gene Enrichment（执行基因富集）按钮（重载图标） 来获取富集分析结果，或者使用菜单选项 Tools → Enrichment Table → Perform Gene Enrichment。

18.1. 物种与基因 ID

运行富集分析需要两个必要参数：

  • Organism（物种）：与查询基因相关的物种

  • Gene ID（基因 ID）：包含基因符号的节点表列

如果信息充足，Enrichment Table 应用程序会自动预测这两个参数。

  • 物种 (organism) 是在启动时通过处理网络中 [species, organism, IntAct::species] 列中的数据来预测的。

  • 基因 ID (gene id) 列在启动时通过以下方式预测：

    1. 对于任何通用网络，从样式中检索 NODE_LABEL。

    2. 对于 stringapp 网络，选择 display name。

如果您想手动设置物种和基因 ID，或者预测结果不正确，可以在 Network-specific enrichment panel settings（网络特定的富集面板设置）中更改选项，点击 Enrichment Table 面板中的齿轮图标即可进入。

18.2. 运行富集分析

可以通过以下三种方式执行富集分析：

  • 使用菜单选项 Tools → Enrichment Table → Perform Gene Enrichment。

  • 在 Cytoscape 命令行 (Command Line) 中，输入 enrichment analysis 并按回车键。

  • 点击 Enrichment Table 面板中的 Perform Gene Enrichment（重载图标）按钮。

注意：默认情况下，富集分析是在当前网络的所有节点上执行的，并以基因组作为背景。如果选择了部分节点，则仅针对这些选定节点进行富集分析，并以完整网络作为背景。

现在您将获得包含富集结果的表格。结果默认按 p 值升序排列。

18.3. 筛选结果

您可以根据几个参数按类别和证据代码对表格进行筛选。

  • 点击带有过滤图标的 Filter enrichment table（筛选富集表）按钮以访问筛选器。

  • 在类别中选择 Gene Ontology Biological Process（基因本体生物学过程），点击 OK。您将看到一个筛选后的表格，并在表格顶部显示已筛选行数与总行数的摘要。

  • 再次打开筛选面板并勾选 Remove redundant terms（移除冗余项）。点击确定以查看应用了两个筛选条件后的术语。

18.4. 图表

图表功能允许可视化网络中每个节点的一组术语。默认显示一个拆分圆环图，对应于前 5 个术语。您可以在 Network-specific chart settings（网络特定的图表设置，最右侧按钮）中更改术语数量和图表类型。

  • 点击 Draw chart using default color palette（使用默认调色板绘制图表）以使用默认设置创建图表。

  • 要删除图表，请点击 Reset charts（重置图表）。

  • 要更改图表设置，请转到 Network-specific chart settings。

18.5. 术语选择

富集分析表根据网络中选定的节点显示结果。如果没有选择节点，表格中将显示所有术语。当选择了一组节点时，将显示包含所有选定节点的术语。同样，要可视化一个或多个富集术语，请在表格中选择相应的行，网络中的相应节点将会被高亮显示。

18.6. 可选设置

除了物种和基因 ID 列外，还有其他参数可以修改以获得更精确的富集结果。这些选项可在 Network-specific enrichment panel settings（齿轮图标）中找到。例如，您可以通过选择适当的冗余度（Jaccard）截止值来移除表中的冗余术语，默认值为 0.5。

18.7. 生成富集图 (Enrichment Map)

我们可以根据 Enrichment Table 应用程序生成的富集数据生成 Enrichment Map。这需要 Cytoscape 中安装了 Enrichment Map 应用程序。安装 Enrichment Map 应用程序后，点击 Enrichment Map 图标。指定输出文件名和连接性截止值，然后点击 OK 继续。

18.8. 导出结果

Enrichment Table 应用程序提供了将数据导出为 csv 格式表格的功能。

  • 选择 Export enrichment table（导出富集表）图标。

  • 选择所需的表格文件保存位置和文件名。

默认文件扩展名为 .csv。

18.9. 自动化 (Automation)

自动化应用场景也支持富集分析。基本命令语法为 enrichment analysis。您可以使用 organism 参数选择查询基因相关的物种。您还可以使用 geneID 参数选择包含基因符号的节点表列。所有参数列表请见 此处。