2. 启动 Cytoscape¶
Cytoscape 是一款 Java 应用程序，已验证可在 Linux、Windows 和 Mac OS X 平台上运行。尽管未获官方支持，但如果特定 UNIX 平台（如 Solaris 或 FreeBSD）提供了 Java 8 版本，也可以运行 Cytoscape。
2.1. 系统要求¶
Cytoscape 的系统要求取决于您想要加载、查看和处理的网络规模。
请注意，从 Cytoscape v3.2 开始，网络加载速度更快，且占用的内存比以前的版本更少。虽然这是个好消息，但在 v3.2 版本中创建的网络，如果是在特定的内存配置（例如 1GB）下，可能无法在之前版本的 Cytoscape 中使用相同的内存配置加载。
| 小型网络可视化 | 大型网络分析/可视化 | |
|---|---|---|
| 处理器 | 1GHz | 尽可能快，并具备多核心 |
| 内存 | 512MB | 2GB+ |
| 显卡 | 集成显卡 | 高端显卡 |
| 显示器 | XGA (1024X768) | 宽屏或双显示器 |
各平台均有特定的系统要求、限制和配置选项，详见 https://cytoscape.cn 网站上的发行说明。
2.2. 入门指南¶
安装 Java¶
Cytoscape 需要 Java 17。
我们建议使用 64 位 Java 运行环境 (JRE)，例如 OpenJDK 17。
虽然 v3.2 之前的 Cytoscape 版本可以在 Java 6 上运行，但 Oracle 和其他 JVM 提供商已停止对 Java 6 的支持。因此，Cytoscape v3.2 及更高版本不支持 Java 6。随着 v3.3 的发布，我们停止了对 Java 7 的支持；随 Cytoscape v3.8 发布，我们停止了对 Java 8 的支持。出于同样的原因，从 v3.10 开始，我们停止了对 Java 11 的支持。
有关更多信息，请选择 Cytoscape 网站上的“发行说明”按钮。
安装 Cytoscape¶
下载与安装¶
下载和安装 Cytoscape 有多种选择。请参阅 https://cytoscape.cn 网站上的下载页面以获取所有选项。
针对 Windows、Mac OS X 和 Linux 平台提供自动安装包——这对大多数用户来说是最佳选择。
您可以从压缩归档分发包安装 Cytoscape。
您可以从源代码构建 Cytoscape。您可以从我们的 Git 仓库 (https://github.com/cytoscape/cytoscape) 获取最新、最棒的软件。
无人值守安装¶
安装 Cytoscape 最简单且最常见的方法是执行从 Cytoscape 网站下载的 自动安装包。这将启动一个向导，引导您完成整个过程，提供有关安装目录、许可协议、文件关联和隐私设置的选择。
安装过程可以通过在命令行或脚本中执行带“-q”参数的安装包（例如，“Cytoscape_3_10_0-RC1_windows_64bit.exe -q”）来实现自动化和静默安装。要使其成功，您的执行环境必须具备足够的软件安装权限（例如，在 Windows 上：管理员权限）。使用“-q”参数，安装程序将自动选择所有默认设置。
使用其他设置和预编程的响应文件，可以实现更灵活的自动化，详见 Install4j 手册 (http://resources.ej-technologies.com/install4j/help/doc/help.pdf) 的附录 A。
Cytoscape 目录¶
Cytoscape 的安装（无论何种平台）均包含以下文件和目录
| 目录 / 文件 | 描述 |
|---|---|
| p/Cytoscape_v3.10.0 | Cytoscape 程序文件、启动脚本以及会话文件的默认保存位置 |
| p/Cytoscape_v3.10.0/gen_vmoptions.sh | Cytoscape 内存配置设置 |
| p/Cytoscape_v3.10.0/sampleData | 预设网络，详见其中包含的 README.txt 文件 |
| p/Cytoscape_v3.10.0/framework | Cytoscape 程序文件 |
| p/Cytoscape_v3.10.0/apps | Cytoscape 核心应用程序文件 |
| u/CytoscapeConfiguration | Cytoscape 属性和程序缓存文件 |
| u/CytoscapeConfiguration/cytoscape3.props | Cytoscape 配置设置 |
p/ 目录表示程序目录，该目录因平台而异。为了使 Cytoscape 正常工作，所有文件都应保留在解压后的目录中。核心 Cytoscape 应用程序在寻找运行程序所需的各种库时，会假设采用此目录结构。
u/ 目录表示用户主目录，该目录因用户和平台而异。若要更改默认的用户主目录，可以将 Java 环境变量 user.home 设置为目标目录——当 Cytoscape 安装在工作站上，但主目录存储在中央文件服务器上时，此设置非常有用。user.home 可以通过将以下选项添加到 Cytoscape.vmoptions 文件或 _JAVA_OPTIONS 环境变量中来设置（请相应替换为您希望的路径）：
-Duser.home=/path/to/desired/home
您的操作系统可能有其他设置环境变量的机制——有关详细信息，请参阅您的操作系统文档。
关于升级 Cytoscape 安装的简要说明¶
如果您之前安装过 Cytoscape，有两个选择：
从头开始清理。为此，您应该删除之前的安装目录和
CytoscapeConfiguration目录（见下文了解该目录的位置）。保留现有内容，直接选择一个不同的新目录进行安装。如果万一遇到任何问题，请删除
CytoscapeConfiguration目录中的.props文件。如果这不能解决问题，请尝试删除整个CytoscapeConfiguration目录。后一步操作会导致您丢失所有通过 App Store 安装的应用程序，因此仅在遇到问题或不介意重新安装应用时才执行此操作。核心应用程序不受此步骤影响。
启动应用程序¶
与任何应用程序一样，通过双击安装程序创建的图标、从命令行运行 cytoscape.sh（Linux 或 Mac OS X），或者双击 cytoscape.bat 或程序启动图标（Windows）来启动 Cytoscape。
启动 Cytoscape 后，将出现一个如下所示的窗口
如果您的 Cytoscape 窗口看起来与此不同，可能需要进一步配置。请参阅 https://cytoscape.cn 网站上的发行说明。
关于内存消耗的说明¶
对于大多数普通用户，Cytoscape 会预估并预留适当的内存量。错误的估算可能导致 Cytoscape 在启动时挂起，或无法加载您的网络。除非 Cytoscape 无法启动或无法打开您的网络，否则它通常能正确估算可用内存，您可以继续阅读 快速入门指南。如果 Cytoscape 对内存大小判断错误或无法分配足够的内存，可能是因为您运行的是 32 位 JRE，安装 64 位 JRE 可能会获得更好的效果——请参阅上面的“安装 Java”章节。
当 Cytoscape 启动时，它会在主界面右下角显示当前内存使用情况。您可以随时点击 Memory（内存）按钮来使用 Free Unused Memory（释放未使用内存）选项。虽然大多数用户不需要使用此功能，但对于加载了多个大型网络的用户来说，它非常有用。
Cytoscape 的总内存大小¶
默认情况下，Cytoscape 会根据您的操作系统、系统架构（32 位或 64 位）和安装的内存大小，对初始内存和最大内存分配进行估算。您可以通过编辑位于 Cytoscape 可执行文件所在目录下的 Cytoscape.vmoptions 文件来更改 Cytoscape 的初始和/或最大内存大小。该文件每行包含一个选项，以换行符结尾，且文件末尾需要一个额外的换行符。注意，MacOS 平台的情况略有不同——如果您是通过点击 Cytoscape 图标来启动它的，则必须改为编辑 …/Cytoscape.app/Contents/vmoptions.txt 文件。要在 Finder 中访问该文件，您需要右键点击 Cytoscape 应用图标并选择显示包内容，这将显示包含 vmoptions.txt 的 Contents 子目录。
例如，如果您想让 Cytoscape 初始分配 2GB 内存，最大使用 4GB，请编辑 Cytoscape.vmoptions 文件，使其包含以下行（……不要忘记每行末尾的换行符，以及文件末尾的额外换行符！）
-Xms2GB
-Xmx4GB
栈大小¶
还有一个与内存分配相关的选项。Cytoscape 中的某些功能使用较大的栈空间（用于某些操作的临时内存，例如布局）。由于此值与上述值独立设置，有时布局算法会因为内存溢出错误而失败。为避免这种情况，您可以通过使用 cytoscape3.props 文件（位于 CytoscapeConfiguration 目录中）中的 taskStackSize 选项，为 Cytoscape 任务设置更大的堆大小。这可以在 Cytoscape 内部使用首选项编辑器（编辑 → 首选项 → 属性…）进行编辑 - 查找 taskStackSize。该值应以字节为单位指定。