20. Linkout

Linkout 提供了一种在 Cytoscape 中将节点和边链接到外部网络资源的机制。在 Cytoscape 中右键单击节点或边，会弹出一个包含网页链接列表的菜单。

默认情况下，Cytoscape 包含许多链接，如 Entrez (NCBI)、SGD 和 Google，以及一些特定物种的链接。除了默认链接外，用户还可以通过 Cytoscape 首选项编辑器（位于 编辑 (Edit) → 首选项 (Preferences) → 属性 (Properties…) 中的 linkout 组）自定义 外部链接 (External Links) 菜单，并添加（或删除）链接。

外部链接在编辑器中以 键-值 (key-value) 对的形式列出，其中 属性名称 (Property Name) 指定链接名称，值 (Value) 是搜索 URL。Linkout 菜单采用分层结构组织，该结构在键中指定。节点特定的 Linkout 键项以关键字 nodelinkouturl 开头；对于边，则为 edgelinkouturl。

例如，以下条目

nodelinkouturl.Model Organism DB.SGD (yeast)=http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.fpl?locus=%ID%

将 SGD 链接放置在 模式生物数据库 (Model Organism DB) 子菜单下。此链接在 Cytoscape 中将显示为

以类似的方式，可以添加新的子菜单。

URL 中的 %ID% 字符串是节点标签的占位符。当生成弹出菜单时，此标记将被替换为节点标签。在上述示例中，为 YNL050C 蛋白生成的 SGD 链接为

http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.fpl?locus=YNL050C

如果您想基于不同的列进行查询，则需要使用 样式 (Styles) 指定不同的节点标签。

对于边，其机制基本相同；但这里的占位符 %ID1% 和 %ID2% 分别反映源节点和目标节点的标签。

目前还没有机制来检查所构建的 URL 查询是否正确，以及节点标签是否有意义。同样，不同标识符之间也没有 ID 映射。例如，如果从一个使用 Ensembl 基因标识符作为节点标签的网络链接到 NCBI Entrez，将产生一个使用 Ensembl ID 的 Entrez 链接，这会导致链接错误。用户有责任确保用作 URL 链接中搜索项的节点标签能产生有意义的链接。