17. 分析器 (Analyzer)

分析器可针对无向和有向网络计算一套全面的拓扑指标，包括：

• 节点、边和连通分量的数量。

• 网络直径、半径、聚类系数以及特征路径长度。

• 拓扑系数、中介中心性 (Betweenness) 和接近中心性 (Closeness) 的图表。

• 度分布、邻域连通度、平均聚类系数、最短路径长度、共享邻居数量和压力中心性 (Stress Centrality) 的分布。

17.1. 网络分析

分析网络

要运行分析器，请选择 Tools (工具) → Analyze Network (分析网络)。

分析器会根据网络是有向还是无向（默认为无向）运行不同的统计分析。系统会打开一个 Set Parameters (设置参数) 对话框，您可以在其中指定是否将网络作为有向图进行分析。

结果准备好后，将显示在 Results Panel (结果面板) 中。

结果包含多个标签页，可通过面板底部的按钮访问。有关网络指标的详细信息，请点击 此处。

• 简单指标

• 节点度分布

• 聚类系数

• 拓扑系数

• 平均最短路径长度

• 邻域连通度

• 中介中心性

• 接近中心性

• 压力中心性

分析节点子集

本工具的旧版本提供分析所有节点或仅分析所选子集的选项。程序中不再直接支持此功能。相反，如果您想分析子网络，可以使用 Command Panel (命令面板) 中的命令 File (文件) → New Network (新建网络) → From Selected Nodes, All Edges (从选定节点，包含所有边) 来创建所需的子网络。

绘制指标

一旦运行分析器，Node Table (节点表) 中会添加多个附加列（Edge Table (边表) 中会添加一个 EdgeBetweenness 列）。要绘制这些新列中的任何一个，请右键单击列标题并选择 Plot Histogram… (绘制直方图…) 查看单个参数分布，或选择 Plot Scatter… (绘制散点图…) 查看数据的双变量图。在这些图表中，您可以选择数据的一部分，并选中主图窗口中与图表上选定区域相对应的节点（或边）。

有关 NetworkAnalyzer 的更多信息，请参阅 Yassen Assenov, Nadezhda Doncheva, Thomas Lengauer, and Mario Albrecht 的文章，DOI: 10.1038/nprot.2012.004。