26. Cytoscape 自动化¶

Cytoscape 直观的图形用户界面 (GUI) 非常适用于交互式的网络数据整合、分析和可视化。它为探索性数据分析提供了强大的功能，但如果你有数百个数据文件，或者需要让其他人执行你的数据分析工作流，该怎么办呢？使用 GUI 手动对数百个网络执行相同的操作几乎是不可能的。更重要的是，虽然你可以将结果保存为会话文件，但如果你通过点击式的 GUI 操作来执行数据分析，则无法保存你的工作流。Cytoscape 提供了多种支持自动化工作流的选项，它们统称为“Cytoscape 自动化”。更多教程和示例可在 Cytoscape 自动化网页 (http://automation.cytoscape.org) 获取。

26.1. R 和 Python 程序包¶

如果你已经在使用 R 或 Python，那么你很幸运！这些语言中有现成的程序包，其中包含大量辅助函数，可以使访问和控制 Cytoscape 变得快速且直观。

R 程序包称为 RCy3，可通过 Bioconductor 获取，详见 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html。RCy3 代码仓库提供了一个简洁的界面，用于浏览文档和现有的插图（参见 Articles 菜单）：https://cytoscape.cn/RCy3/index.html。此外，在 Cytoscape YouTube 频道上还提供了一系列视频教程。

Python 程序包称为 py4cytoscape。

26.2. 命令¶

命令 (Commands) 功能允许你通过脚本编写一系列 Cytoscape 命令和菜单项，其中命令可以包含通常由用户通过 Cytoscape 对话框提供的参数值。例如：

session open file="C:\\myfile.cys"

该命令从文件加载会话，类似于 文件 (File) → 打开 (Open…) 菜单项。命令可以解析为 Cytoscape 的核心功能或安装在 Cytoscape 中的支持自动化的应用程序。你可以创建一个命令脚本文件，Cytoscape 可以通过 工具 (Tools) → 执行命令文件 (Execute Command File…) 菜单项或在启动时的 Cytoscape 命令行中执行该脚本。

命令是 Cytoscape 的内置功能，用于将你的工作流自动化为简单的脚本。你可以在命令工具 (Command Tool) 一节中了解更多关于命令的信息。

26.3. CyREST 接口层¶

在某些情况下，你可能需要利用功能完备的编程语言（如 R、Python、Ruby 或 JavaScript）中提供的复杂控制和数据结构。这些语言能够实现以 Cytoscape 为中心的复杂工作流，或将 Cytoscape 集成到更大的工作流中。Cytoscape 通过其 CyREST 接口支持以编程方式访问其命令和函数。

默认情况下，CyREST 接口处于启用状态，并在 TCP/IP 端口 1234 上可用。要验证这一点，请在你的 Cytoscape 工作站上启动 Web 浏览器，并导航到 https://:1234/v1/ 或 https://:1234/v1/commands。第一种形式是一个函数，它以 JSON 对象的形式返回基本的 Cytoscape 信息。

第二种形式是一个命令，它返回可用命令命名空间的列表。

请注意，命名空间的列表将根据你安装的应用程序而变化——某些应用程序会提供它们自己的命名空间下的命令。

如果你的工作站端口 1234 已经被占用，你可以通过以下两种方式指定不同的 CyREST 端口：

使用 编辑 (Edit) → 首选项 (Preferences) 菜单修改 rest.port 属性来选择不同的端口（例如 8888）。
通过 -R 参数在 Cytoscape 命令行中指定端口。

     cytoscape.bat -R 8888 (for Windows)
     
     ./cytoscape.sh -R 8888 (for Mac or Linux)

你可以通过浏览器导航到 https://:8888/v1/ 来测试新端口。

请注意，如果你打算在单个工作站上运行多个 Cytoscape 实例，每个 Cytoscape 实例的 CyREST 端口必须是唯一的。你必须使用属性设置或命令行参数技术，确保每个实例在不同的 CyREST 端口上运行。

探索 CyREST 命令和函数¶

Cytoscape 通过 帮助 (Help) → 自动化 (Automation) 子菜单提供了可用命令和函数的列表。CyREST API 子菜单显示可用函数，CyREST Command API 显示可用命令。自动化示例 (Automation Examples) 会跳转到一个 Web 门户，其中包含了关于 Cytoscape 自动化的大量文档、示例和教程。

值得注意的是，自动化示例中包含一个教程，解释了如何探索 CyREST 命令和函数：https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/wiki/Trying-Automation。

CyREST API 和 CyREST Command API 子菜单在 Swagger Web 应用程序中记录了 CyREST，允许你通过阅读和直接调用（使用 Try it out! 按钮）来探索 CyREST 入口点。一个与 https://:1234/v1/ 函数匹配的示例页面如下：

请注意，该页面包含描述、输入参数、输出值、结果代码以及 Try it out! 按钮。按下该按钮将执行该函数，并显示实际的 CyREST 调用及其结果。充分利用 Swagger 作为原型设计工具，可以极大减少代码编写和调试的时间！

要了解更多关于如何使用 CyREST 的信息，请访问 Cytoscape 自动化教程页面 (https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/wiki/Trying-Automation)。

请注意，Swagger 页面反映了 Cytoscape 在执行时的功能，包括由已安装应用程序提供的命令和函数。要发现未安装应用程序的 CyREST 功能，你必须先安装它们，然后使用 帮助 (Help) → 自动化 (Automation) 子菜单来生成 Swagger 页面（或者简单地重新加载你的 Swagger 浏览器页面）。